מרכז הפליטים החל את פעילותו בשנת 2009, כיוזמה של ארבע סטודנטיות מאוניברסיטת בן גוריון בנגב. לאחר שנחשפו לסיפורים הקשים והיעדר המענה למצוקתם של מבקשי ומבקשות מקלט החיים בנגב. היום, כעשור אחרי העמותה מפעילה מערך פעילות ומתנדבים הפועל מתוך תפיסה הוליסטית הנותנת מענה לשלל צרכי החיים של הקהילה. אנו הארגון היחידי שבסיסו בדרום ומסייע לקהילה זו.
עמותת המרכז לפליטים בנגב פועלת יחד עם קהילת מבקשי המקלט בעיר באר שבע ובדרום על מנת לייצר מענים ולאפשר לחברי הקהילה לחיות בכבוד וברווחה, לחיזוק מנהיגות קהילתית ולתמיכה ביוזמות העולות מתוך הקהילה. העמותה תסייע במתן כלים להתפתחות אישית וקהילתית ותפעל ליצירת קשרים בין קהילת מבקשי המקלט לקהילות נוספות בבאר שבע ובדרום.
מנחה אותנו האמונה כי לנו, כאזרחיות ואזרחי מדינה שהוקמה על ידי פליטים ולמענם, החובה לעזור לאלו הנרדפים, ושסכנת חיים נשקפת להם במדינתם.אנו פועלות ליצירת קהילה משותפת של ישראלים ומבקשי מקלט בבאר שבע, בצוות המתנדבים שלנו פעילים גם מבקשי ומבקשות מקלט, הלוקחים חלק גם בועד המנהל של העמותה ובצוות המוביל שלה.